V lidských ústech žije asi 40 000 bakterií. Tyto bakterie tvoří mikrobiální ekosystém, který je součástí lidského těla. Většina těchto bakterií je neškodná a může mít dokonce pozitivní vliv na lidské zdraví. Mezi nejběžnější typy bakterií v ústech patří Streptococcus mutans, o kterém je známo, že je hlavní příčinou zubního kazu. Dalšími běžnými druhy jsou Prevotella, Veillonella nebo Fusobacterium. Tyto bakterie se nacházejí na povrchu zubů, dásní, jazyka a na sliznicích úst. Přítomnost těchto bakterií je důležitá pro udržení rovnováhy mikrobiálního ekosystému v ústech, který pomáhá chránit před patogeny a udržuje správné fungování dutiny ústní. Přestože je většina bakterií v ústech neškodná, některé druhy mohou způsobit zubní kaz, zánět dásní nebo jiné problémy s ústní hygienou. Pravidelné čištění zubů, používání zubní nitě a návštěvy zubaře jsou důležité pro udržení zdraví ústní dutiny a omezení přemnožení patogenních bakterií.
